El género Elaeis pertenece a la familia Arecaceae y está compuesto por la palma americana Elaeis oleifera (Kunth) Cortés y la palma africana Elaeis guineensis (Jacq). Aunque E. guineensis es la especie de palma más utilizada para la producción de aceite en Colombia, su rendimiento se ve afectado por enfermedades como la pudrición del cogollo. Sin embargo, híbridos del cruzamiento de E. oleifera y E. guineensis muestran resistencia/tolerancia a esta enfermedad, lo que establece a E. oleifera como un importante recurso para programas de mejoramiento genético. Este estudio evaluó la diversidad y estructura genética espacial de poblaciones de E. oleifera colectadas en 24 municipios de las regiones Andina y Caribe de Colombia. Análisis de 16 loci microsatélites en 280 individuos identificaron poblaciones fuera del equilibrio de Hardy-Weinberg por déficit de heterocigotos y la presencia de alelos nulos. La riqueza alélica varió con la distribución geográfica, siendo menor en San Pelayo, Córdoba (1,86) y mayor en Cimitarra, Santander (4,21). Se observaron diferencias entre pares de poblaciones que correspondieron parcialmente a ecorregiones de Colombia. Estos resultados fueron reflejados en análisis de inferencia Bayesiana y análisis DCPA que persistieron aun después de remover el efecto de alelos nulos. Aunque los patrones de diversidad y estructura genética observados en este estudio son útiles para la creación de bancos de germoplasma y el diseño de estrategias de conservación para esta especie, se recomienda el uso de marcadores SNPs para confirmar estos resultados.