Este libro ha sido pensado como uno de los tantos soportes posibles para las clases de sistemática de nivel básico y avanzado, además de servir de repaso a conceptos teóricos generales, pero sobre la base empírica, y no como reemplazo de los libros básicos o avanzados sobre análisis filogenético. El libro consta de doce secciones, que van desde manejo de caracteres, pasando por editores de matrices y árboles a búsquedas tanto para análisis de parsimonia y máxima verosimilitud (ML), como para análisis bayesiano. A lo largo del libro se utiliza una tipografía consistente para indicar el nombre de los programas. Se espera que el usuario de este manual tenga conocimientos básicos, o que esté tomando un curso formal de sistemática Filogenética a nivel de pre o postgrado.